가습기를 세척하기 전에는 항상 손을 깨끗이 씻어야 한다. 진동자 부분 및 물통을 2일마다 부드러운 스펀지나 천으로 닦아주고, 일주일에 한 번은 중성세제를 이용해 세척하면 위생적으로 관리할 수 있다. 중성세제를 이용할 경우, 세제가 남지 않도록 3회 이상 깨끗이 헹궈야 한다. 락스, 비누, 알칼리성 세제, 산성 세제 및 기름 성분이 있는 유기 세제를 이용하면 진동자 부분에 기름 성분이 코팅되어 분무 불량 및 고장의 원인이 된다.
진동자 부분 일반적으로 가습기를 세척할 때 물통만을 세척하는데, 실제로 물통보다는 진동자 부분에서 미생물의 오염이 높게 나타난다. 만약 세척 후 세제 성분 등이 남아 있으면 분무량이 적거나 가습이 되지 않는 요인이 되므로 진동자 부분을 키친 타월이나 부드러운 천으로 깨끗이 닦는다.
물통 부드러운 솔 또는 천으로 깨끗이 세척한다. 가습기에는 항상 물이 담겨져 있어 세균의 번식이 쉽기 때문에 일정 기간(2~3일간) 사용하지 않고 방치한 경우는 반드시 물통과 진동자 부분을 세척한 다음 사용한다. 가습기를 사용하지 않을 때는 물통 및 진동자 부분의 물을 제거하고 건조한 상태로 보관한다.
분무 유도관 및 분출구 분무 유도관이나 분출구도 일주일에 한 번씩은 부드러운 솔 및 천으로 깨끗이 닦아주는 것이 좋다.